Die Geschichte der Philippinen begann, als während der letzten Eiszeit vor mindestens 30.000 Jahren Landbrücken entstanden waren, die den ersten Menschen einen Weg zu den Inseln der heutigen Philippinen einrichtete. Der erste nachweisliche Kontakt mit dem Westen war die Landung des portugiesischen Seefahrers und Weltumseglers in spanischen Diensten Ferdinand Magellan auf der Insel Homonhon südöstlich der Insel Samar, die auf den 16. März 1521 datiert ist. Er nannte die Inseln Islas de San Lázaro – Sankt-Lazarus-Inseln, da an diesem Tag das Fest zu Ehren des Heiligen Lazarus gefeiert wurde. Mit der Expedition von Miguel López de Legazpi wurden im Jahre 1565 die ersten ständigen spanischen Siedlungen auf den Inseln von Cebu gegründet. Weitere Niederlassungen folgten, während sich die spanischen Kolonisten nordwärts bewegten und die Bucht von Manila auf der Insel Luzon erreichten. In und um Manila wurden in der Folge zahlreiche neue Ortschaften gegründet, die die Ära des spanischen Kolonialreiches einläuteten, das die Philippinen im Weiteren für mehr als drei Jahrhunderte regierte.
Die blaue Farbe steht für die Einheit des philippinischen Volkes, troz kultureller und geographischer Unterschiede (7107 Inseln). Die rote Farbe steht für die Bereitschaft der Filipinos, Blut für ihr Land zu lassen. Im Kriegsfall wird die Flagge umgedreht, mit der roten Farbe nach oben. Die weiße Farbe steht für den Frieden und die Reinheit, auf die das Land aufgebaut sein soll.
